En el siglo XIII Sancho II de Portugal conquista parte de los pueblos pertenecientes a la zona occidental de la sierra. Posteriormente el papa Inocencio IV otorga la soberanía a Castilla de las tierras al oeste del Guadiana. Esto provoca la retirada de los lusos, pasando Hinojales y otros municipios a formar parte de reino de Sevilla.

Hinojales significa "terreno donde abunda el "hinojo". El topónimo es de origen castellano, significando este que la fundación de éste fue realizada tras la conquista o porque un núcleo de población que ya existía fue rebautizado. Se inicia un proceso de inmigraciones, con repoblaciones provenientes de Galicia y León, lo que se manifiesta todavía en la toponimia y en las costumbres. Hinojales consigue la emancipación de Aracena a principios del siglo XVI, según el historiador Manuel de Jesús Martín.

Históricamente, se ha desarrollado una agricultura muy variada en el pequeño valle que hay junto al municipio, aprovechando así el agua proveniente del manantial "Fuente Vieja". En las huertas se cultivaban productos hortofrutícolas para el auto-consumo, también cereales y olivos donde las zonas tenían mayor pendiente. La economía de este pueblo se completaba con la ganadería y las dehesas.