A mediados del siglo XVII las epidemias de cólera movieron al cabildo sevillano a ordenar blanquear con cal las iglesias como medida sanitaria. En 1967, bajo el encalado de sus paredes se descubrieron unas importantes pinturas gótico-renacentistas, al fresco, localizadas en el presbiterio y que hoy se encuentran restauradas y ampliamente estudiadas por Rodolfo Recio en su obra Las pinturas de Hinojales (1981).

Basándonos en este estudio, todas las obras murales son anónimas, aunque muy próximas a la escuela de pintura de Sevilla, cuyos artistas, bajo la influencia del maestro Alejo Fernández, hicieron numerosos trabajos por todo el reino. Su cronología está comprendida aproximadamente entre los años 1.490 y 1.530. Según su estilo, este investigador las ha dividido en dos grupos: “el Maestro Gótico” y “el Maestro Cuatrocentista de Hinojales”. Entre las primeras, más antiguas, tenemos las obras de El sepulcro vacío y La presentación de Jesús en el Templo. Entre las segundas, más estilizadas, expresivas y con un mayor dominio del color, se encuentran La última Cena, La resurrección de Cristo y los murales de varios santos como Santo Tomás de Aquino, San Bartolomé y Santa Catalina.